Chapter structure matched to the originals, glossary review, site polish

.gitignore

@@ -16,4 +16,5 @@ publishconf.py
 .venv
 _build
 /glossary
-/data
+/data
+tmp/

content/chapters/000-introduction_to_evolution.md

@@ -1,24 +1,22 @@
 Title: مقدمه‌ای بر فرگشت
 Date: 2020-01-04
-Category: مقدمه
+Category: مقدمه‌ای بر فرگشت
 Slug: evo101/chapter-0
 Source: https://evolution.berkeley.edu/evolution-101/an-introduction-to-evolution/
 Source_title: An introduction to evolution
 Author: mortezagk
 Tags: evolution, biology, evolution 101, evolution101, science, bio, dna, natural selection, انتخاب طبیعی, علم, دانش, تکامل, فرگشت, تطور, فرگشت ۱۰۱, فرگشت۱۰۱, زیست, زیست‌شناسی
 
 ------
-#### تعریف
+## تعریف
 
 به زبان ساده، فرگشت زیستی «وراثت همراه با تغییر[^۱]» است. این تعریف دربرگیرندهٔ فرگشت در مقیاس کوچک (تغییرات در فراوانی ژن[^۲] در یک جمعیت، از نسلی به نسل دیگر) و فرگشت در مقیاس بزرگ (پیدایش یک گونهٔ متفاوت از یک نیای مشترک طی نسل‌های بسیار) است. فرگشت به ما کمک می‌کند جهان زندهٔ پیرامونمان و همچنین تاریخ آن را درک کنیم.
 
-#### توضیح
+## توضیح
 
 فرگشت زیستی تنها در مورد تغییر در گذر زمان نیست. بسیاری از چیزها با گذر زمان تغییر می‌کنند: کرم‌های پروانه[^۳] به شب‌پره تبدیل می‌شوند، درختان برگ‌های خود را از دست می‌دهند و دوباره برگ می‌دهند، رشته کوه‌ها بالا آمده یا فرسایش می‌یابند، ولی اینها نمونه‌هایی از فرگشت زیستی نیستند، چون «ادامهٔ نسل از طریق وراثت ژنتیکی» را در خود ندارند.
 
-ایدهٔ اصلی فرگشت زیستی این است که تمام حیات روی زمین یک نیای مشترک دارد، مثل شما و عموزاده‌هایتان که یک مادربزرگ مشترک دارید.
-
-در جریان فرایندِ «وراثت همراه با تغییر»، نیای مشترکِ حیات روی زمین موجب تنوع خارق‌العاده‌ای شده که امروزه به طور مستند در آثار فسیلی و اطرافمان می‌بینیم. فرگشت یعنی همهٔ ما عموزاده‌های دور هستیم: انسان‌ها و درختان بلوط، مگس‌مرغ‌ها و نهنگ‌ها.
+ایدهٔ اصلی فرگشت زیستی این است که تمام حیات روی زمین یک نیای مشترک دارد، مثل شما و عموزاده‌هایتان که یک مادربزرگ مشترک دارید. در جریان فرایندِ «وراثت همراه با تغییر»، نیای مشترکِ حیات روی زمین موجب تنوع خارق‌العاده‌ای شده که امروزه به طور مستند در آثار فسیلی و اطرافمان می‌بینیم. فرگشت یعنی همهٔ ما عموزاده‌های دور هستیم: انسان‌ها و درختان بلوط، مگس‌مرغ‌ها و نهنگ‌ها.
 
 ![عکس‌های یک درخت در چهار فصل (بالا) و فیلوژنیِ چند جانور چهاراندام (پایین).](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/03/Change_over_time_2020.png){: width="1651" height="1888" loading="lazy" }
 

content/chapters/100-looking-at-the-patterns.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 Title: تاریخ حیات: نگاهی به الگوها
 Date: 2020-01-04
-Category: فصل اول: الگوها
+Category: تاریخ حیات: نگاهی به الگوها
 Slug: evo101/chapter-1
 Source: https://evolution.berkeley.edu/evolution-101/the-history-of-life-looking-at-the-patterns/
 Source_title: The history of life: looking at the patterns
@@ -10,7 +10,7 @@ Tags: evolution, biology, evolution 101, evolution101, science, bio, dna, natura
 ------
 ایده‌های اصلی فرگشت عبارتند از اینکه حیات، تاریخی دارد -که در گذر سال‌ها تغییر کرده است- و اینکه گونه‌های مختلف‌ْ نیایی مشترک دارند.
 
-در این فصل می‌توانید ببینید که تغییرات و روابط فرگشتی چگونه در «درخت‌های خانوادگی[^۱]» نمایش داده می‌شوند، چگونه این درخت‌ها شکل می‌گیرند و این دانش چگونه رده‌بندی زیست‌شناختی را تحت تاثیر قرار می‌دهد. شما همچنین خط زمانی تاریخ فرگشتی و اطلاعاتی دربارهٔ چند اتفاق خاص در تاریخ حیات را خواهید دید: فرگشت انسان و منشاء حیات.
+اینجا می‌توانید ببینید که تغییرات و روابط فرگشتی چگونه در «درخت‌های خانوادگی[^۱]» نمایش داده می‌شوند، چگونه این درخت‌ها شکل می‌گیرند و این دانش چگونه رده‌بندی زیست‌شناختی را تحت تاثیر قرار می‌دهد. شما همچنین خط زمانی تاریخ فرگشتی و اطلاعاتی دربارهٔ چند اتفاق خاص در تاریخ حیات را خواهید دید: فرگشت انسان و منشاء حیات.
 
 ![فیلوژنیِ هفت گروه از مهره‌داران.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/patterns_intro_english-1024x685.png){: width="1024" height="685" loading="lazy" }
 <div class="caption" markdown="1">نوک شاخه‌ها (از چپ به راست): کوسه‌ها، ماهیان باله‌شعاعی[^۲]، دوزیستان، نخستی‌سانان[^۳]، جوندگان و خرگوش‌ها، کروکودیل‌ها، دایناسورها و پرندگان.<br>ویژگی‌های مشخص‌شده روی شاخه‌ها (از پایین به بالا): مهره‌ها، اسکلت استخوانی، چهار اندام، تخمِ مشیمه‌دار[^۴]؛ سپس مو (نخستی‌سانان و جوندگان و خرگوش‌ها) و دو حفرهٔ پشت‌چشمی[^۵] (کروکودیل‌ها و دایناسورها و پرندگان).</div>

content/chapters/101-the_family_tree.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 Title: درخت خانوادگی
 Date: 2020-01-04
-Category: فصل اول: الگوها
+Category: تاریخ حیات: نگاهی به الگوها
 Slug: evo101/chapter-1/the-family-tree
 Source: https://evolution.berkeley.edu/evolution-101/the-history-of-life-looking-at-the-patterns/the-family-tree/
 Source_title: The family tree

content/chapters/102-understanding_phylogenies.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 Title: درک فیلوژنی‌ها
 Date: 2020-01-04
-Category: فصل اول: الگوها
+Category: تاریخ حیات: نگاهی به الگوها
 Slug: evo101/chapter-1/understanding-phylogenies
 Source: https://evolution.berkeley.edu/evolution-101/the-history-of-life-looking-at-the-patterns/understanding-phylogenies/
 Source_title: Understanding phylogenies
@@ -28,8 +28,6 @@ Tags: evolution, biology, evolution 101, evolution101, science, bio, dna, natura
 ![همان فیلوژنیِ A، B و C با سه نیای مشخص‌شده.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/understanding_phylos_unique-ancestor-500x184.png){: width="500" height="184" loading="lazy" }
 <div class="caption" markdown="1">آبی: نیای منحصر به فرد C.<br>سبز: نیای مشترک B و C.<br>نارنجی: نیای مشترک A، B و C.</div>
 
-### کلادها
-
 کلاد یک دسته‌بندی است که شامل نیای مشترک و تمام نوادگان (زنده یا منقرض شدهٔ) آن نیا می‌شود. با استفاده از یک فیلوژنی، به سادگی می‌توان تشخیص داد که کدام نسب‌ها یک کلاد را تشکیل می‌دهند. فرض کنید یک شاخه را از فیلوژنی بچینیم -همهٔ جاندارانی که روی شاخهٔ هرس‌شده هستند یک کلاد را می‌سازند.
 
 ![چهار فیلوژنی که بخشی از هر کدام با رنگ و قیچی جدا شده است.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/06/7-scissorclade-e1625009351568.png){: width="792" height="576" loading="lazy" }

content/chapters/103-trees_not_ladders.md

@@ -1,14 +1,14 @@
 Title: درخت، نه نردبان!
 Date: 2020-01-04
-Category: فصل اول: الگوها
+Category: تاریخ حیات: نگاهی به الگوها
 Slug: evo101/chapter-1/trees-not-ladders
 Source: https://evolution.berkeley.edu/evolution-101/the-history-of-life-looking-at-the-patterns/trees-not-ladders/
 Source_title: Trees, not ladders
 Author: mortezagk
 Tags: evolution, biology, evolution 101, evolution101, science, bio, dna, natural selection, انتخاب طبیعی, علم, دانش, تکامل, فرگشت, تطور, فرگشت ۱۰۱, فرگشت۱۰۱, زیست, زیست‌شناسی
 
 ------
-زیست‌شناسان در طول تاریخ چندین بار خود را به این هدف اشتباه متعهد کرده‌اند که حیات را به صورت یک نردبان، از جانداران پایین‌تر تا بالاتر، سامان دهند. این ایده در دلِ «زنجیرهٔ عظیم هستیِ» ارسطو نیز قرار دارد.
+زیست‌شناسان در طول تاریخ چندین بار خود را به این هدف اشتباه متعهد کرده‌اند که حیات را به صورت یک نردبان، از جانداران پایین‌تر تا بالاتر، سامان دهند. این ایده در دلِ «زنجیرهٔ عظیم هستیِ» ارسطو نیز قرار دارد (تصویر پایین).
 
 همچنین، چنین برداشت اشتباهی ممکن است در مورد فیلوژنی‌ها نیز صورت گیرد، به این شکل که فکر کنیم برخی جانداران «پیشرفته‌تر» از بقیه هستند؛ اگرچه، فیلوژنی‌ها به هیچ وجه بر چنین چیزی دلالت ندارند.
 
@@ -17,34 +17,39 @@ Tags: evolution, biology, evolution 101, evolution101, science, bio, dna, natura
 از بالا به پایین: هستی؛ خدا، فرشتگان، شیاطین، انسان، جانوران، گیاهان، کانی‌ها؛ نیستی.<br>نیمهٔ بالا (از خدا تا انسان): قلمرو هستی. نیمهٔ پایین (از انسان تا کانی‌ها): قلمرو شدن.<br>
 حالا می‌دانیم که این ایده غلط است.</div>
 
-در این فیلوژنیِ بسیار ساده‌شده، بر اثر یک رویدادِ گونه‌زایی دو نسب ایجاد شد. یکی به خزه‌های امروزی منتهی شد؛ دیگری به سرخس، کاج و گل سرخ. از زمانِ این رویدادِ گونه‌زایی، هر دو نسب فرصت مساوی برای فرگشت داشته‌اند. پس، اگرچه خزه‌ها خیلی زود در «درختِ حیات» به شاخه‌ای مستقل تبدیل شدند و خصوصیات مشترک بسیاری با نیای همهٔ گیاهانِ خاکی[^۱] دارند، گونهٔ خزهٔ امروزی نیای گیاهانِ خاکیِ دیگر نیست. همچنین بدوی‌تر از آنها نیز نیست. خزه‌ها عموزاده‌های گیاهانِ خاکیِ دیگر هستند.
-
 ![فیلوژنی گیاهان](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_mossfern-1-300x237.png){: width="300" height="237" loading="lazy" }
 <div class="caption" markdown="1">از چپ به راست: خزه، سرخس، کاج، گل سرخ.<br>پیکان: رویداد گونه‌زاییِ اولیه.</div>
 
+در این فیلوژنیِ بسیار ساده‌شده، بر اثر یک رویدادِ گونه‌زایی دو نسب ایجاد شد. یکی به خزه‌های امروزی منتهی شد؛ دیگری به سرخس، کاج و گل سرخ. از زمانِ این رویدادِ گونه‌زایی، هر دو نسب فرصت مساوی برای فرگشت داشته‌اند. پس، اگرچه خزه‌ها خیلی زود در «درختِ حیات» به شاخه‌ای مستقل تبدیل شدند و خصوصیات مشترک بسیاری با نیای همهٔ گیاهانِ خاکی[^۱] دارند، گونهٔ خزهٔ امروزی نیای گیاهانِ خاکیِ دیگر نیست. همچنین بدوی‌تر از آنها نیز نیست. خزه‌ها عموزاده‌های گیاهانِ خاکیِ دیگر هستند.
+
 پس به‌یاد داشتن این سه نکته در هنگام مطالعهٔ یک فیلوژنی مهم است:
 
-1. فرگشت طرحی از روابط بین نسب‌ها ایجاد می‌کند که به شکلِ یک درخت است، نه یک نردبان. ![یک فیلوژنی در سمت چپ، یک علامت مساویِ خط‌خورده در وسط و یک «نردبان» که در آن A به B، B به C و C به D اشاره می‌کند.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_notladders-500x184.png){: width="500" height="184" loading="lazy" }
+1. فرگشت طرحی از روابط بین نسب‌ها ایجاد می‌کند که به شکلِ یک درخت است، نه یک نردبان.
+
+    ![یک فیلوژنی در سمت چپ، یک علامت مساویِ خط‌خورده در وسط و یک «نردبان» که در آن A به B، B به C و C به D اشاره می‌کند.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_notladders-500x184.png){: width="500" height="184" loading="lazy" }
+
+2. این که ما ترجیح می‌دهیم فیلوژنی‌ها را از چپ به راست مطالعه کنیم، هیچ ارتباطی با سطح «پیشرفت» ندارد.
 
-2. این که ما ترجیح می‌دهیم فیلوژنی‌ها را از چپ به راست مطالعه کنیم، هیچ ارتباطی با سطح «پیشرفت» ندارد. ![یک فیلوژنی، یک علامت نامساوی و ردیفِ A < B < C < D.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_northis-500x184.png){: width="500" height="184" loading="lazy" }
+    ![یک فیلوژنی، یک علامت نامساوی و ردیفِ A < B < C < D.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_northis-500x184.png){: width="500" height="184" loading="lazy" }
+
+3. برای هر رویدادِ گونه‌زایی روی یک فیلوژنی، انتخاب این که کدام نسب سمت راست و کدام سمت چپ قرار گیرد اختیاری است. فیلوژنی‌های زیر یکسان هستند:
+
+    ![دو فیلوژنیِ گیاهان با علامت مساوی میانشان.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_equalmoss-500x184.png){: width="500" height="184" loading="lazy" }
 
-3. برای هر رویدادِ گونه‌زایی روی یک فیلوژنی، انتخاب این که کدام نسب سمت راست و کدام سمت چپ قرار گیرد اختیاری است. فیلوژنی‌های زیر یکسان هستند: ![دو فیلوژنیِ گیاهان با علامت مساوی میانشان.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_equalmoss-500x184.png){: width="500" height="184" loading="lazy" }
-<div class="caption" markdown="1">چپ: خزه، سرخس، کاج، گل سرخ.<br>راست: سرخس، کاج، گل سرخ، خزه.</div>
 
 زیست‌شناسان اغلب کلادهایی را که بیشتر مدّ نظرشان است (چه خفاش یا ساس باشد، یا باکتری) در سمت راستِ فیلوژنی قرار می‌دهند.
 
-### تصورات غلط در مورد انسان‌ها
+**تصورات غلط در مورد انسان‌ها**
 
 وقتی به فرگشتِ انسان می‌رسیم، نکات ذکر شده در بالا موجب بیشترین مشکلات می‌شود. فیلوژنیِ نزدیک‌ترین گونه‌های زنده به ما (انسان‌های مدرن) به این صورت است:
 
-![فیلوژنیِ انسان‌ها و نزدیک‌ترین خویشاوندانِ زنده‌شان.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_humans-1-280x300.png){: width="205" height="220" loading="lazy" }
-<div class="caption" markdown="1">از چپ به راست: گوریل‌ها، انسان‌ها، شامپانزه‌ها و بونوبوها[^۲].</div>
-
 مهم است که به‌یاد داشته باشیم:
 
 1. انسان‌ها از شامپانزه‌ها فرگشت نیافته‌اند. انسان‌ها و شامپانزه‌ها عموزاده‌های فرگشتی هستند و یک نیای مشترکِ متأخر دارند که نه شامپانزه و نه انسان بود.
 2. انسان‌ها «بالاتر» یا «فرگشت یافته‌تر» از دیگر نسب‌های موجود نیستند. از زمانی که نسب‌های ما از هم جدا شدند، انسان‌ها و شامپانزه‌ها هر کدام ویژگی‌هایی مختص (یا منحصر) به نسب خود را کسب کردند.
 
+![فیلوژنیِ انسان‌ها و نزدیک‌ترین خویشاوندانِ زنده‌شان.](https://evolution.berkeley.edu/wp-content/uploads/2021/11/trees_not_ladders_humans-1-280x300.png){: width="205" height="220" loading="lazy" }
+
 <br>
 
 [^۱]: Land plants