Конвертация SDF/SMILES в PDBQT

Скрипты для подготовки множества лигандов к докингу (в AutoDock Vina).

• generate_pdbqt.py - с использованием RDKit и OpenBabel.
• meeko_generate_pdbqt.py - с использованием RDKit и Meeko. Поддерживает гибкость циклов (>5-членных).

Основные возможности

1. Конвертация нескольких молекул, записанных в один файл: SDF/SMILES в PDBQT.
2. Проверка на наличие дубликатов и их запись в разные файлы и папки.
3. 3D-генерация: Автоматическое добавление водородов, конвертация в 3D, минимизация энергии.
4. Гибкость: Алифатические циклы > 5 атомов помечаются как гибкие.

Требования

Установка необходимых библиотек:

pip install numpy scipy rdkit vina meeko gemmi autogrid openbabel-wheel

Использование

1. Поместите исходные файлы SDF/SMI и скрипт в рабочую папку.
2. Запустите нужный вам скрипт:

python meeko_generate_pdbqt.py
# или
python generate_pdbqt.py

3. Введите полный путь к файлам прямо в консоль.
4. Результаты появятся в папке converted_pdbqts/.

Настройки (в коде)

В объекте prepper класса MoleculePreparation можно изменить параметры гибкости: min_ring_size=6: минимальный размер кольца, которое будет считаться гибким

Пример вывода программы

В архиве converted_pdbqts.zip находятся сконвертированные молекулы из обоих входных файлов

---

Molecular Dynamics Preparation Script

gromacs_pipeline.py - скрипт для автоматизации подготовки малых молекул из SDF в форматы, совместимые с GROMACS (.gro, topol.top). Подготовка включает генерацию топологии с использованием силовых полей Open Force Field (openff-2.1.0.offxml).

Основные возможности

1. Конвертация нескольких молекул, записанных в один файл: .sdf в .gro и topol.top. Координаты автоматически конвертируются из Ангстрем (SDF) в Нанометры (GRO) с коэффициентом $0.1$.
2. Проверка на наличие дубликатов и их запись в разные файлы и папки.
3. 3D-генерация: Автоматическое добавление водородов, конвертация в 3D, минимизация энергии.
4. Валидация полученных файлов.

Требования

Для работы скрипта требуется активировать окружение и установить библиотеки:

conda activate openff_env

conda install -c conda-forge \
    rdkit \
    openff-toolkit \
    openff-interchange \
    openff-forcefields \
    ambertools \
    openmm \
    gromacs

Использование

1. Запускайте команду, находясь в директории с входными файлами:

python gromacs_pipeline.py

2. Введите полный путь к файлам прямо в консоль.

Валидация файлов (grompp)

Чтобы проверить корректность созданных файлов и рассчитать начальную энергию системы, раскомментируйте последнюю строку скрипта:

validate_with_grompp(name)

При успешном выполнении появится следующий вывод:

"Validation passed for ваша-молекула"

Пример вывода программы

В архиве CHEMBL4739908.zip приложен пример выходных файлов для одноименной молекулы:

• CHEMBL45305.gro — файл структуры GROMACS.
• topol.top — файл топологии.
• CHEMBL45305_pointenergy.mdp — файл параметров для расчета Single Point Energy, используется для валидации.